Le but principal du traitement du colon est de se débarrasser des toxines et des déchets accumulés dans le corps afin de renforcer le système immunitaire et de combattre les virus. Il peut également aider à éliminer les diverticules. Bien que le nettoyage du côlon soit souvent utilisé avant des procédures médicales telles que la coloscopie, la médecine alternative le pratique également pour des raisons de désintoxication.